Sau khi bà mất, ngọn đồi, nơi cơ quan Trung ương Hội Phụ nữ cứu quốc Việt Nam đặt trụ sở, được mang tên Hoàng Ngân. Các tỉnh đội Hải Dương, Hưng Yên, Thái Bình đã tổ chức những đội du kích Hoàng Ngân. Tỉnh hội Hưng Yên lập một trường đào tạo cán bộ phụ nữ mang tên bà.

Hoàng Ngân được phong tặng Huân chương Kháng chiến chống Pháp hạng Nhất, Huân chương Độc lập hạng nhất. Bà được chôn cất tại huyện Đại Từ, tỉnh Thái Nguyên, sau này được đưa về nghĩa trang Mai Dịch, Hà Nội, nơi chôn cất các nhân vật lãnh đạo cao cấp,về bên cạnh chồng bà là Hoàng Văn Thụ.

Ngày 3/3/2008, Trung ương Hội Liên hiệp phụ nữ Việt Nam đã tổ chức truy tặng danh hiệu cao quý Anh hùng Lực lượng vũ trang nhân dân cho liệt sĩ Hoàng Ngân theo Quyết định số 1481/2007/QĐ/CTN ngày 5 tháng 12 năm 2007 của Chủ tịch nước Nguyễn Minh Triết về việc truy tặng danh hiệu Anh hùng lực lượng vũ trang nhân dân cho liệt sĩ Phạm Thị Vân (Hoàng Ngân).

Ngày 22/4/2009, Trung ương Hội Liên hiệp phụ nữ Việt Nam tổ chức truy tặng danh hiệu Huân chương Hồ Chí Minh cho liệt sĩ Hoàng Ngân[3].

Các thành phố: Nam Định - quê hương bà, Hải Phòng – nơi bà sinh và trưởng thành, Thái Nguyên - nơi bà mất và Hà Nội đều có phố mang tên Hoàng Ngân.

Tháng 10- 2017 tên bà được đặt cho đường 41, P16 Q8, Thành phố Hồ Chí Minh.